新修訂的《個人所得稅法實施條例》明確了年所得超過×××萬元的個人需要自行納稅申報。但由於長期實行個人所得稅代扣代繳制度，很多人對自行納稅申報認識不足，準備更不足，以致目前的自行納稅申報出現一些問題。
一、納稅人自行申報存在的問題
1．納稅人前期準備不足，“年所得”確定及其申報存在困難和不便。
由於認識不夠，在過去的一年中，大多數納稅人並未就年度終了後的納稅申報做相應準備，對全年收入沒有詳細的收入記錄，或沒有完整地保存收入憑證和完稅憑證。這樣，對於收入項目單一、集中，或多爲大額收入，以及稅務機關着重監管的重點納稅人，就年內收入進行申報相對較爲容易。而對於收入項目多、次數多、收入分散，每次(項)收入額相對較小，且多爲現金收入的納稅人，準確理清及申報其全年所得確實有一定的困難。
2．某些項目的年所得的確定存在難度。國家稅務總局已出臺相關辦法，對各項所得的年所得計算方法作出了較爲詳細的規定，但在實際計算時仍存在一些困難。
(1)工資、薪金的年所得確定依然存在一定困難。根據規定，工資、薪金所得按照未減除費用及附加減除費用的收入額計算。實際上，納稅人每月實際領到的工資並不等於這個“收入額”。有些單位的工資單並不清晰，如對一些免稅項目並未單獨列出，有些單位將部分稅後收入直接轉入個人賬戶，並不在工資單中列示，也沒有完稅憑證。按照現行政策，許多需要列入工資、薪金所得課稅的項目，如旅遊獎勵、商業保險、認購股票、從僱主取得折扣等收入數額，個人難以準確掌握。
(2)家庭或夫妻雙方共同收入如何確定。從目前來看，家庭或夫妻雙方共同的財產轉讓，租賃取得的所得，家庭儲蓄及股票投資取得的利息、股息、紅利所得以及其他所得等收入，是計入某一特定家庭成員的年所得，還是在家庭成員之間進行分割後計入各自所得？如果允許分割，如何分割？這些都會對納稅人是否達到自行申報標準產生重要影響。
(3)有關盈虧相抵的規定需要進一步明確。
第一，按照規定，對於同時參與兩個以上(合夥)企業投資的，合夥人應將其投資所有企業的應納稅所得額相加後的總額作爲年所得。但對於有虧損的怎麼處理沒有明確，是否允許盈虧相抵並不清楚。若允許盈虧相抵，相抵後爲虧損時，又如何處理？
第二，對股票轉讓所得盈虧相抵爲負數的，規定此項所得按“零”填寫。除股票之外的其他財產轉讓盈虧如何處理，以及其他不同類財產有盈有虧時如何處理，也沒有明確。
因此，對以上有關盈虧處理作出規定時，應充分考慮合理性，否則有可能會出現年收支淨額爲負、經濟處於困境的人仍要申報個人所得稅的情況。
3．利息、股息、紅利所得中部分所得的確定存在一定困難。
對於從股票投資中取得的部分所得，如股份制企業用盈餘公積金派發的紅股，以及以現金形式派發的股息、紅利，在由支付企業代扣代繳個人所得稅後計入個人股票賬戶，納稅人受各方面條件限制在納稅申報時對這部分年所得進行確定存在一定困難。同時，納稅人能否區分開資本公積金送股與盈餘公積金送股也是一個問題。另外，股權分置改革中非流通股股東通過對價方式向流通股股東支付的股份、現金等收入暫免徵流通股股東應繳納的個人所得稅。那麼，這部分所得是否計入個人所得進行申報，如何計入，亟待規定。
二、稅務機關實施管理存在的問題
1．對納稅申報準確性監控有困難。
目前條件下未能形成有效的相關公共管理部門、支付單位與稅務機關之間信息傳遞的配合機制，稅務機關對納稅人基礎信息的掌握並不完備。同時，各地稅務機關信息化水平參差不齊，信息傳遞和共享難以實現。在納稅人所得項目比較多，支付地點相對分散，又多以現金形式取得的情況下，稅務機關對納稅人自行申報情況的監控存在困難。
2．某些管理措施的具體落實存在困難。
現行申報辦法規定：“主管稅務機關應當在每年法定申報期間，通過適當方式，提醒年所得×××萬元以上的納稅人辦理自行納稅申報。”這一規定存在以下問題：
一是主管稅務機關難以完全掌握哪些人年所得超過×××萬元，使提醒義務難以全面履行。
二是爲納稅爭議埋下隱患。納稅人可能會以沒有接到主管稅務機關的提醒，或以提醒方式不當爲由，不履行納稅申報義務。
三是提醒申報與《稅收徵管法》中的通知申報有何區別，提醒是否等同於通知，需要進一步明確。
對納稅人隨意變更申報地點，又不報原主管稅務機關備案的'行爲，現行辦法沒有規定如何處理。在實踐中，選擇納稅地點容易被納稅人作爲逃避納稅義務的手段，也易導致地區間稅收惡性競爭。如果納稅人變更申報地點不報原主管稅務機關備案，原主管稅務機關也無法按規定將納稅人的信息傳遞給新的主管稅務機關。
3．納稅人取得收入後未及時申報的法律責任問題。
《個人所得稅自行納稅申報辦法(試行)》(國稅發【xxxx】第162號)規定，納稅人未按照規定的期限辦理納稅申報和報送納稅資料的，依照《稅收徵管法》第六十二條的規定處理。《稅收徵管法》第六十二條規定，納稅人未按照規定的期限辦理納稅申報和報送納稅資料的，或者扣繳義務人未按照規定的期限向稅務機關報送代扣代繳、代收代繳稅款報告表和有關資料的，由稅務機關責令限期改正，可以處200×××元以下的罰款；情節嚴重的，可以處200×××元以上×××萬元以下的罰款。但對納稅人取得收入時應進行納稅申報但未按期申報，在次年彙總申報時是否處罰沒有具體規定。
4．納稅人自行選擇申報方式是否恰當。
現行辦法規定，納稅人可以自行選擇申報方式。《稅收徵管法》及其實施細則規定，納稅人採取除直接申報以外的其他申報方式時須經稅務機關批准。下位法與上位法的規定不一致，可能造成納稅人與稅務機關在申報與受理銜接上出現問題。
我們認爲，首先，我國目前對年所得×××萬元以上的納稅人實行自行申報的制度設計，超越了目前稅收管理的外部基礎條件和現有徵管技術條件。因此，自行納稅申報的規範和其效果的全面顯現，需要一個過程，在這一過程中需要不斷完善自行納稅申報的外在環境和條件。其次，從當前看，由於各方面條件的限制，納稅人如實納稅申報還依賴於納稅人的誠實，而不是制度約束。在沒有其他相關部門提供個人收入信息及有效收入控管制度的情況下，自行納稅申報的積極作用都將趨弱，因此，需要建立起有效促使納稅人自行申報的制度體系。再次，若沒有對依法申報者的有效激勵和對違法者的嚴厲懲處機制，將不利於全民納稅意識的培養，甚至會惡化
稅收環境。
三、做好自行納稅申報的建議
1．完善自行納稅申報的配套制度。
(1)制定“年所得”的標準計算公式，提供給納稅人、扣繳義務人和代理機構。統一規定各單位工資單(或個人收入憑證)的標準格式，體現出規定口徑計算的“年所得”；扣繳義務人在扣繳稅款時必須向納稅人提供符合標準的收入憑證和扣繳稅款憑證。具備條件的扣繳義務人應在年初向納稅人提供上年度從本單位取得的“年所得”的憑證。
(2)對夫妻或家庭共同取得的收入是否劃分、如何劃分作出規定，以準確確定每個人的年所得。
(3)取消有關提醒的規定，避免與《稅收徵管法》中的“通知”產生混淆，或將其修改爲：“主管稅務機關在每年法定申報期間，可以通過適當方式提醒納稅人辦理自行納稅申報。但稅務機關未提醒或提醒方式不當，不免除納稅人不履行申報義務的法律責任。”提醒納稅人自行納稅申報是稅務機關爲搞好稅收徵管而進行的一項納稅服務工作，不應作爲稅務機關的法定義務。
(4)對申報地點的初次確定給予納稅人充分的選擇權，同時對變更申報地點的條件作出明確的規定，對納稅人改變申報地點進行限制。××儘快推廣個人賬戶制度，強化非現金結算。
3．進一步加強對個人所得稅全員全額扣繳申報的管理，提高扣繳申報質量。
加強對扣繳義務人報送的全員全額扣繳申報信息的分析利用，定期與納稅人申報信息進行比對，將雙方申報不一致的信息作爲稅務檢查的重點。在建立和完善稅務機關之間個人信息傳遞共享機制的同時，強化公共管理部門、金融部門及支付單位向稅務機關及時傳遞個人涉稅信息的法律義務和法律責任，儘快實現信息及時傳遞和準確查詢。
4．建立誠信納稅的激勵和約束機制。
