一、針對不同開發區的財政政策選擇
（一）針對重點開發區實施激勵型財稅政策
重點開發區已經具備了一定的經濟快速發展的基礎，需要一定的激勵機制來刺激其經濟潛能的發揮，財稅政策應當通過特定的作用方式和工具組合，注重以經濟槓桿來重新調度和傾斜配置一部分經濟利益，起到引導、激勵和約束當地政府和企業加快經濟起飛和形成新興中心區域的作用。對於國家鼓勵的產業和投資領域，實施稅收優惠、投資補貼、加速折舊、貼息等優惠措施；全面推進增值稅轉型，實施消費型增值稅。
（二）針對限制開發區實施支持補償型財稅政策
限制開發區的開發潛力不大，重點應落在生態修復和環境保護上來，財稅政策應當對這類區域加大轉移支付的支持力度，並發展生態補償機制。減免稅收主要用於發展限制開發區的特色產業；設立專門的生態效益補償基金，用於限制開發區域的生態修復和維護；對於直接受益主體收取適當費用來充實相應生態補償基金，考慮採用從水資源費、水電費、旅遊收入等渠道籌集受益者補償資金，加快建立按照生態環境資源開發利用量徵收的生態環境補償費徵收機制。
（三）針對禁止開發區的保障———補償型財稅政策
禁止開發區必須杜絕各種開發活動，但地方行政職能的`執行需要必須得以滿足，對此類區域，財稅政策的定位是以轉移支付等保障地方政府的運轉和基本公共服務，同時加大生態補償的力度。財政撥款主要用於保障公共服務和生態環境補償的轉移支付，加強生態修復。
二、構建與我國主體功能區發展建設相適應的財政政策體系
（一）優化稅制結構，促進經濟發展方式的根本轉變
1、改革現行稅制，使財政收入規範和穩步增長。第一，通過稅費改革，理順稅費關係第二，將中央與地方財政稅收收入分配方式轉換爲大多采用共享稅方式的形式，以有利於調動各省建設主體功能區的積極性。第三，適時開徵新稅種，擴大財源。
2、優化稅制結構，建立促進生態環境管理的稅收體系。第一，利用增值稅和消費稅的調節導向，引導人們的消費結構。第二，調整資源稅，開徵環境稅，加大環境污染懲處力度。第三，積極推進適合各主體功能區的財稅體制改革試點。
（二）構建與主體功能區相協調的財政轉移支付制度
1、科學合理確定財政轉移支付目標。進一步規範政府與市場、中介組織、企業之間的關係，切實轉變政府職能。
2、構建與主體功能區相適應的縱向轉移支付制度。
3、構建針對主體功能區的地區間橫向轉移支付機制。可通過多種形式，向欠發達地區、重要生態功能區、水系源頭地區和自然資源保護區傾斜。
4、進一步完善省以下轉移支付制度。
（三）構建與主體功能區政策相適應的預算投入和橫向生態補償機制
1、進一步完善我國現行的對口支援制度。改革和創新傳統的對口支援制度，加大東部沿海等省份對中西北部省份的技術、資金、勞動力資源對口支援。
2、逐步加大對生態補償的公共預算投入比例。中央和地方財政對環境保護的支出應加大投入生態恢復的比例。
3、探索建立跨地區和跨領域的生態補償機制，構建財稅生態補償機制，建立區際生態基金模式的橫向生態補償制度。
