（一）當年查補進項稅的賬務調整
1、非法取得抵扣憑證
如果取得的進項憑證不合法而企業抵扣了該進項稅，應做如下賬務調整：借記原材料、庫存商品等，貸記應交稅費——增值稅檢查調整。
2、不得抵扣進項稅而抵扣
企業購進用於非應稅項目的貨物不應抵扣進項稅額，如果企業進行了抵扣，檢查發現後應做如下賬務處理：借記應付職工薪酬等，貸記應交稅費——增值稅檢查調整。
3、非正常損失的`貨物應轉出而未轉出進項稅
如外購貨物及在產品、產成品等發生的非正常損失，企業應將相應的進項稅轉出，檢查發現未做轉出處理的，應做如下賬務處理：借記待處理財產損溢等，貸記應交稅費——增值稅檢查調整。
4、少抵扣進項稅額
在稅法規定的期限內，如果企業少抵扣了進項稅額，依照規定在計算出少抵扣的稅額後，做如下賬務處理：借記原材料等（紅字），貸記應交稅費增值稅檢查調整（紅字）。
（二）當年查補銷項稅的賬務調整
1、價外費用未計銷項稅
如果企業向購買方收取的價外費用未計提銷項稅，應按銷售貨物適用稅率計算應補的增值稅後，做如下賬務處理：借記其他應付款等，貸記應交稅費—增值稅檢查調整。
2、視同銷售未計銷項稅額
如果企業將自產產品用於發放職工薪酬、無償贈與他人等發生的視同銷售業務未計提銷項稅額的，應按當期同類貨物的價格或按組成的計稅價格計算銷售額後計提銷項稅額，進行如下賬務處理：借記應付職工薪酬等，貸記應交稅費——增值稅檢查調整。［例1］甲公司從事機械製造(增值稅一般納稅人)，2014年4月銷項稅額爲70萬元，購進貨物的進項稅額爲80萬元，“應交稅費——未交增值稅”賬戶借方餘額爲10萬元。2014年5月20日，稅務機關檢查發現：4月6日，用自產的機器設備一臺對外投資，成本價100萬元，同類產品不含稅售價120萬元，企業會計處理借：長期股權投資1000000貸：庫存商品10000004月20日，購進一批商品發放職工福利，增值稅專用發票上註明價款爲10萬元，企業會計處理：借：應付職工薪酬100000應交稅費——應交增值稅（進項稅額）17000貸：銀行存款117000稅務處理：企業將自產產品用於對外投資，應視同銷售繳納增值稅，要進行調賬：借：長期股權投資204000貸：應交稅費——增值稅檢查調整204000企業用於非應稅項目的購進貨物，其進項稅額不得抵扣。要進行調賬：借：應付職工薪酬17000貸：應交稅費——增值稅檢查調整17000結轉“增值稅檢查調整”科目餘額：借：應交稅費——增值稅檢查調整221000貸：應交稅費——未交增值稅221000計算補交稅款=221000-100000=121000（元），會計處理如下：借：應交稅費——未交增值稅121000貸：銀行存款121000
（三）對以前年度增值稅查補的調整
對以前年度增值稅進行檢查補稅，如果涉及損益科目，應將查增、查減相抵後應補的增值稅，借記利潤分配—未分配利潤，貸記應交稅費—增值稅檢查調整；如果涉及非損益科目，按結賬前的有關賬務處理方法進行調整。［例2］乙公司從事包裝印刷（增值稅一般納稅人）。2014年9月5日，稅務機關對該公司上年納稅情況進行檢查，發現該企業2013年將邊角料出售，取得收入價款20000元，企業會計處理爲：借：銀行存款20000貸：其他業務收入200005月，購進鋼構建造職工停車棚，支付價款117000元，取得增值稅專用發票，固定資產折舊年限爲5年，不考慮殘值。企業賬務處理：借：固定資產100000應交稅費——應交增值稅（進項稅額）17000貸：銀行存款117000經稅務機關檢查查補的增值稅額爲：出售邊角料應補交增值稅2905.98元［20000/（1+17％）×17％］，購進固定資產不得抵扣進項稅額17000元，兩項合計19905.98元。企業應按要求進行賬務調整。借：以前年度損益調整2905.98固定資產17000貸：應交稅費——增值稅檢查調整19905.98補提折舊：2013年度1983.33元［17000÷（5×12）×7）］，2014年度2266.67元［17000÷（5×12）×8）］。借：以前年度損益調整1983.33管理費用2266.67貸：累計折舊42502013年度多交企業所得稅1222.32元（2905.98+1983.33）×25％。借：應交稅費——應交所得稅1222.32貸：以前年度損益調整1222.32借：利潤分配——未分配利潤3666.99貸：以前年度損益調整3666.99。
