由於個人所得稅具有很強的政策性，隨着國家相應政策的改變，特別是針對於稅率和起徵點的變化，稅務系統就需要的對計算公式和流程作出相應的調整，如果不能及時升級，便需要進入後臺進行手工調整。個人所得稅管理系統的輸入數據可以手動錄入也可以從外部成批量的數據導入，但需要進行相應的格式轉換，尤其是對於不同的字段，格式要求非常嚴格。而幾個學院，職能部門來報銷時提供的報表往往是自制的以不同格式編制的紙質報表，加上財務系統爲防範病毒等威脅，很難將外部報表移植到稅務管理系統中批量計算，即使成功移入財務電腦中，格式的轉換，不僅耗時又容易出錯，因此格式的不一致嚴重影響了批量計算的實現。在業務量小時，即只有個別幾個人報銷時可以單獨手工輸入金額，計算當月應繳納的個人所得稅，但是往往各個節日發放福利費、加班費、期末年底發放課時費時，是各個學院、職能部門一起發放，就會涉及到幾百人甚至幾千人，在不能批量計算的情況下只能依賴傳統的手工錄入計算，大量的人工覈算不僅降低了計算結果的準確性，還非常耗時，費力，即便採用Excel強大的數據處理功能，也可能因爲錄入數據的錯誤或不完整性導致錯誤。因此，代繳代扣個人所得稅工作的複雜性導致了稅務管理系統仍處於半自動化狀態。
高校個人所得發放與稅務處理的不同步，加大了稅務計算的難度和納稅的不合理性。
1、個人所得收入的不定時發放，導致不能合理累加計稅。高校個人所得稅一般是在發放當月工資時便計算出來代繳代扣，但是每個月教職工還有其他的收入所得，這部分收入不是定時發放，比如評審費、加班費等，有可能在短時間內還不止發放一次，需要與當月工資和本月先前發放的薪金收入一起計稅，而先前每人已發放的薪金數據難以統計，因此每次報銷其他收入時，只能與當月的工資合併計算，這在某種程度上降低了個人應當繳納的個人所得稅，造成了稅務部門檢查時，學校的稅務管理風險。
2、統一稅率導致不同的工資級別，不合理納稅。各個學院，職能部門不定期發放的等額加班費、評審費，由於人數較多，在日常工作中往往會採用一個統一稅率計算應繳所得稅額，使每個教職工的代扣稅額相同，這顯然不符合實際情況，因爲每個教職工的工資級別不同，所使用的稅率也不同，用一個統一稅率計算整體的納稅額勢必會導致應多納稅的人少納稅了，不應納稅的人納稅了，產生納稅的不合理性。例如：某個學院30人，教授10人，適用稅率爲10%，講師10人，適用稅率爲3%，助教10人，工資未達到扣稅標準，如果當月均發放福利費1000元后，三者適用稅率不變，則應納稅所得額=1000*10*10%+1000*10*3%+0=1300元，如果採用統一的最低稅率3%對總體收入計算個人所得稅應繳納額=1000*10*3%+1000*10*3%+1000*10*3%=900元，平均下來這樣便使教授少納稅了700元，助教多納稅300。
3、集中發放個人所得，加重納稅負擔。由於高校課時費計算的依據是教學工作量，教學工作量只有在各學期期末或年底才能彙總出來，因此課時費等的發放一般都集中在每學期期末或年底，而稅務處理遵循的是收付實現制原則，個人所得稅按發放當月計稅，使得教師的一些本屬於不同期間的收入只能在發放當月集中扣稅，從而造成應納所得稅額的不合理增加。
作爲執行部門的財務部門只是按照確定的標準完成各項課時費、津貼的發放任務，並不能決定收入分配總量、分配標準以及分配時間，所以不可能單獨完成納稅籌劃工作。納稅籌劃的主體應是在單位中能夠決定收入分配總量，制定或確認收入分配標準以及發放時間的部門，這主要涉及到能夠統計工作總量的教務部門，制定和確認收入分配標準的人事部門，及執行發放並計算應扣個人所得稅的財務部門，但由於教職工工作量，工資等級等相關信息沒有共享的資源庫，因此這三個主要部門很難相互配合和及時溝通使稅收籌劃得以實現。
針對以上存在的問題，本文建議從以下方面進行對高校個人所得稅納稅管理的不斷改善，從實際出發制定適合自身校情的納稅方案。
1、提高高校教職工對作爲納稅人的認知
作爲納稅義務人在履行納稅義務的同時也享有着納稅人的權力，而在當今中國這種義務和權力存在的不對等性，納稅人在納稅後，並不清楚稅款的去向，不清楚我們所繳納的稅款在爲誰買單，也正是因爲人們大多數缺乏這種納稅人維權的意識，才使得這種不對等性的延續。因此，不能只是單方面的提高教職工的納稅意識，而是應該提高教職工對納稅人權利義務的認知，只有在清楚了自己享有的'權力後才能更好的實現自覺納稅。高校可以通過不定期的對個人所得稅法的宣傳，及時公佈更新的相關法律政策，增強教職工的稅法意識。此外對於稅務機關檢查出來的未按規定繳納稅款的情況，應當進行追溯，由未繳納的個人補繳，不應再由學校承擔稅款的補繳，這樣既減輕了學校的負擔，還提高了教職工自覺納稅的意識，消除了逃稅的僥倖心理，實現了對其他教職工的享有學校公共資源的公平性。
2、加強部門之間的配合，建立有序的稅務代扣代繳機制
財務部門作爲扣繳個人所得稅的執行部門必須得到相關部門的配合和支持，同時做到有法可依、有據可查，扣繳的每一分錢都明明白白，才能減少高校的稅務風險，避免不必要的處罰。因此，首先要加強高校內部財務部門、人事部門、教務部門以及各院系之間的協調，通過及時有效的溝通，把各個環節的工作銜接起來，作出合理的稅收籌劃，這種協調溝通可以藉助高校稅收信息化管理實現。其次，加強對高校執行代扣代繳的工作人員進行定期培訓，出外學習，以進一步完善代扣代繳的工作機制。
3、加強高校稅收系統信息化管理
資金流循環和信息流循環是高校內部進行日常管理的全部核心，兩者密不可分。高校改革的一個重要環節就是實現二者的協同管理，因此高校的財務軟件也必須順應這一發展趨勢。當前很多高校的管理體制仍舊是各部門之間各自爲政的局面，使得各部門之間的信息互相孤立，不能即時獲取使用，不僅降低了工作效率，還造成了同一數據統計上的不一致，因此實現各部門之間信息的整合與共享越發重要。針對於個稅系統管理建設，通過藉助信息化管理，把教職工信息共享作爲規範化管理的切人點，建立連接人事、財務、教務等有關部門的高校教職工信息數據庫，完善個稅管理信息系統，使得個稅的扣繳工作可以通過幾個部門網絡信息的溝通得以實現，從而提高工作效率，避免扣繳中的錯誤。但這種全面運行辦公自動化，完善、升級現行軟件功能模塊，不僅需要較大的投入，還需要相當長時間的磨合，因此對個人所得稅信息系統的改進，要逐步進行。
4、尋求合理避稅途徑進行稅收籌劃
納稅籌劃不是逃稅、漏稅而是通過對納稅業務進行事先籌劃，制訂一整套的納稅操作方案，從而達到節稅的目的，使稅後收人達到最大化，避免因政策的錯誤使用，不合理計算而導致不必要的多納稅。高校可以通過充分利用國家稅收優惠政策減少計稅工資，合理籌劃年終獎金避開納稅的敏感區間，按年統籌收入分月均衡支付等途徑減少不必要的納稅。納稅籌劃是納稅人的一項基本權利，但納稅籌劃方案合法與否，最終由稅務機關認定，因此高校財務人員在進行納稅籌劃時，要加強與稅務機關的溝通，使制定出來的納稅籌劃方案得到認可。
