事業單位財務分析評價指標包括經費自給率、人員支出與公用支出分別佔事業支出的比率、資產負債率等。
(1)經費自給率。經費自給率是衡量事業單位組織收入的能力和收入滿足經常性支出程度的指標，是綜合反映事業單位財務收支狀況的重要分析評價指標之一。它既是國家有關部門對事業單位制定相關政策的重要指標，也是財政部門確定補助數額的依據，同時也是財政部門和主管部門確定事業單位收支結餘，提取職工福利基金的依據。因此，事業單位必須準確計算經費自給率。其計算公式是：
經費自給率=(事業收入+經營收入+附屬單位上繳收入+其他收入)/(事業支出+經營支出)
公式中各項收入不包括財政補助收入和上級補助收入;支出內容反映的是事業單位經常性支出。需要注意的問題是，爲了使經費自給率具有可比性和連續性，在具體計算經費自給率時，有時臨時性、一次性等特殊支出因素，造成經費自給率波動較大的，要予以扣除，如一次性專項資金安排的'設備購置支出等。在計算經費自給率時，支出中因特殊原因需要扣除的項目，應報經財政部門批准。這樣可以保證支出扣除的合理性，使經費自給率計算更爲準確。
(2)人員支出、公用支出佔事業支出比率。是衡量事業單位支出結構的指標。其計算公式如下：
人員支出比率=人員支出/事業支出X 100%
公用支出比率=公用支出/事業支出X 100%
人員支出是指事業支出中用於人員開支的部分，包括工資、補助工資、職工福利費、社會保障費和助學金。公用支出是指事業支出中用於公用開支的部分，包括公務費、業務費、設備購置費、修繕費和其他費用。
分析人員支出和公有支出佔事業支出的比率，可以瞭解事業支出結構是否合理。事業單位的類型很多，各項支出對不同類型經費支出較多，設備購置費和業務費用等支出的規模相對較小，體現在總支出中，人員經費所佔比重就比較高;另一些單位如自然科學研究單位及醫療單位等，其業務費支出要大得多，在支出中公用支出所佔比重就較大。不能按照相同的標準來分析評價不同類型的事業單位支出結構是否合理。但事業單位可以根據自己的業務特點和人員狀況，通過與以前年度的比較、分析本單位支出結構變化及發展趨勢是否合理。還可以與不同類型的事業單位進行橫向比較，瞭解本單位與先進單位的差距。從總體上看，人員支出佔事業支出的比例不宜過高。事業單位要通過各種努力，逐步調整支出結構，儘可能地提高公用支出佔總支出的比重，否則，事業單位有限的資金用於人員經費開支，將不利於事業發展。
(3)資產負債率。反映一定時期負債佔事業單位資產總額比例的一個指標。它能夠衡量事業單位利用債權人提供的資金開展業務活動的能力，以及反映債權人提供資金的安全保障程度。資產負債率是新增加的一個財務分析評價指標，它是適應事業單位財務制度改革整體要求而設置的。其計算公式是：
資產負債率=負債總額/資產總額X 100%
從債權人的角度看，資產負債率反映貸給事業單位款項的安全程度;從債務人角度說，資產負債率說明事業單位利用債權人提供資金進行業務活動的能力;從事業單位的性質上看，資產負債率保持一個較低的比例較爲合適。
