從前，有個小男孩兒叫尼爾斯。他整天調皮搗蛋，大家都不喜歡他。
一天，尼爾斯一個人在家。他用網兜在大衣箱旁邊逮住了一個小精靈，還捉弄了一番。小精靈非常生氣，臨走前施魔法將尼爾斯變成了一個只有拇指大的小人兒！
自從尼爾斯變小之後，不是他去欺負別人了，而是別人來欺負他了。
有一天，他來到以前來過的農場，來到了一隻經常被他欺負的小雞旁邊，這一次不是小雞被他欺負，而是自己被小雞欺負了。小雞還以爲尼爾斯是一條毛毛蟲在那裏扭來扭去，就向尼爾斯啄去。尼爾斯見了撒腿就跑，可小雞還是不放過他，緊追不捨一直跟着尼爾斯，跑着跑着突然到了一個死角，這時尼爾斯想：現在可怎麼辦啊，進退兩難，難道只能等死嗎？就在這時，尼爾斯發現旁邊有一個草叢便跳了進去，才逃過了一劫。
尼爾斯還以爲已經安全了呢！可是前難剛過，後難又來。原來他一不小心跳進了餵食道。他聞了聞，全都是稻草味。突然，眼前一片光明，使尼爾斯睜不開眼，睜開眼的時候一頭牛正張開嘴巴準備吃草，說時遲那時快，尼爾斯三步併成兩步的'跑，左躲右閃，有一次，差一點就入了牛口，尼爾斯使出了吃奶的勁，一個勁得往前跑，結果一不小心，摔了個“狗啃泥。”
尼爾斯終於逃出了困境，傷痕累累，樣子非常可憐。突然，小精靈出現了，原來小精靈一直悄悄地跟着他。小精靈看了尼爾斯已經感覺到了被捉弄的滋味了。於是，把他變回了原來的樣子。
尼爾斯變回了自己，他和小夥伴們和睦相處，朝夕與共，再也不欺負小動物了，大家都非常喜歡他了。
